震远的献身精神感动了安理会的委员们因此他们没有撤他的职，但他们想起当年灭法事件以及上官宁私自调兵去北极的事情，他们都曾经抗命过，认为震远继承了他父亲的性格同时还是最强的法力者，虽然他做的是正确的，可这抗命的毛病是不能惯着，况且法力者抗命后果更加严重，趁他现在还年轻还是借此机会敲打他一下的好，于是震远被安理会停职检查以观后效。布莱克虽然借此机会准备提出申请由他担任代理总帅，但战毅为了防止其他势利眼的人争夺总帅的位置抢先一步建议安理会像当年对上官宁一样让太极将军暂任联军总帅，安理会接受了建议布莱克又失去了一个宝贵的机会，不过震远的把柄还在他手里，自己还有机会。
得知震远被停职，众人在公共休息室讨论此事纷纷为其打抱不平，说他们是因为受到震远感召才加入负防局走上正道，无论震远是否当职都永远是他们唯一认可的总帅，况且太极将军也不是外人，况且经历了天网行动、黄河会战和地外救援引发的一系列事件，各国分部力量消耗不少，世界联军体系和编制都较为混乱，而且现在天网行动已经结束了，魔军负能量采集体系基本被摧毁，人间也基本被收复回来，各国民心需要稳定，震远年轻缺乏处理这些善后工作的经验，太极将军经验丰富正好可以帮自己重整军容打理这些棘手的零碎事。震远并没有太难受而是觉得这反而是个把之前积攒的问题都查清楚分析透的好机会，自己经历过这些事已然疲惫不堪，正好可以借此机会休整一下，顺便制定远征北极的计划。另一边，影刃王遭到魔帝的流放，魔帝以令牌的力量将其击成重伤之后把他扔进了时间的缝隙，影刃王在异次元力战各种次元异兽，最后拔出刀刃劈出一道空间裂缝回到了人间，坠入中国云南一处几乎与世隔绝的村落。这里有着全中国相对来说最淳朴的民风和最美丽的景色，他在那里开始首次深入地和人类相处，这村的村长和他的老伴是一对善良好客的孤寡老人，他们的子女都投军当兵并牺牲在抗魔战场上，家里除了老两口就只有一个八岁的孙女梦梦，影刃王被这家人收留暂时在此养伤。
星廉经过抵抗天灾阻止撞击以及几次和震远的接触发现他根本不是自己想象中的那种人，如果他父亲真的那么不堪又怎么会培养出震远这样的孩子，遂开始认真地反思自己对震远一家是否存在误解，但父亲死亡的事实又让他疑惑不解，如果震远一家人都是品行高尚的善良之人，那为什么不能帮助或解救自己的父亲甚至还要亲手杀死他呢，更让星廉糊涂的是他越来越觉得自己的法力不像金行神将的法力，甚至因此怀疑起自己的出身。木倩此时不再隐瞒，她告诉星廉自己在宁波时曾经和震远秘密接头，她认为当年的案件疑点太多，震远答应一定会彻查当年的案子揪出真相，星廉的女友寒露也觉得震远的思想成熟，所作所为也非常让人钦佩，耳听为虚眼见为实，不管星廉怎么说她都相信自己看到的，因为震远的一系列行为绝不是装可以装出来的，如果真是装的那他活的也就太累了，而且对他而言完全没有必要。天维里震远在办公室查看过去防卫军时期关于皇甫钧和自己父亲死亡事件的各种文件，战芸前来说目前还是以大局为重尽快考虑一下远征北极的事宜，而且她说如果说星廉是皇甫钧唯一的儿子，而太极将军说皇甫钧确实就是金行神将，当年灭法事件他还公开用过法力，那皇甫钧死了按照继承顺序理应是星廉继承金系力量，但自己身为黄帝的后人经过在黄河以及抗击天灾的时候和星廉他们接触，发现除了星廉其他四人都有当年五行神将的气息，唯独感觉不到星廉金行神将的气息。震远听战芸这意思说明皇甫钧没有死，但这是不可能的，自己当年也在现场亲眼看见父亲枪毙他，而战芸虽然不能肯定，但坚持自己的感觉没有错，现在所有的法力者都已经出现，唯独星神继承者没有，不过自己认为他已经出现了，如果星廉是法力者而又不是金行神将后人，那说明他就是星神的法力继承者，而金行神将继承者另有其人，而且震远和战芸也据此产生了星廉是否是皇甫将军的独子这一猜测。
这一切都被布莱克的监听机器人捕获，布莱克笑震远他们还是嫩点，居然越猜越远。这时四灵战王进来汇报情况，而由于布莱克那边的操作员伸了一个懒腰，纳米蜘蛛爬到了震远的桌子上，震远最怕蜘蛛于是反应过激抄起文件卷成纸卷将其打飞落地，操作员立即控制蜘蛛逃离，但被震远要四灵战王踩死它后被四人夸张地踩成碎屑。一阵闹后众人惊讶地发现这是个机械蜘蛛，被兰羽一查是一个纳米级的监视监听机器人，这在众人之中引发了一阵波动，甚至有人怀疑是不是卡尔带来的机器人，但震远出于各种考虑还是不要搞的沸沸扬扬，几个人自己知道就行了，当年防卫军时期皇甫将军案时就有监听事件发生，为了保证天维的信息安全，震远密令兰羽和夏彤带领总部里调查统计部的相关人员协同郑轩的灵能科技队伍对天维进行反复几次的全面排查，一个蚊子都不能放过，并要在远征北极前完成并完善天维的反监听体系。还好震远还没有讨论制定北极计划，在经过第一遍排查之后他开始计划了，但还是被布莱克以卡尔身上的专门为躲避探测器的高级隐形监听器监听到。讨论结束后震远看这几个大战役把各国军队尤其是联军折腾的也够呛，本来要下令众人暂时休整，但这时太极将军来报告说他接到来自西方的情报，魔帝正开辟其他世界的负能量采集点，与此同时天眼系统也监测到所有黑暗造物部队全部撤离人间，震远怀疑魔帝在通过回收部队来获取负能量，这样的话进度反而增加，天网行动和日益增长的正能量反而刺激了魔帝放弃榨干了的人间，让黑暗计划更快进行。震远和众人都没想到会是这样一个结局，看来只是往沸水里浇冷水是没用的，必须尽快前往魔界把火关掉才能结束这一切，震远要求太极将军立即整顿军备准备远征北极，必须赶在魔帝完成负能量采集之前去魔界消灭他。
备战期间，震远和战芸再次来到天安门前，站在当年他们站的地方看着横幅上的标语，回想着从前艰难发展到现在真正组成了一支强大的力量实属不易，震远还在感谢四极龙给了他这个实现梦想的机会，而战芸却说主要还他自己努力的结果。看到后半段标语，震远不禁念了出来，突然想起了刚开始组建负防局的时候，当自己和雪月说起自己关于天安门后半句的理想时她却一直想着怎么把天维填满，每次和雪月谈论理想时她都会在想一些物质性的问题，他常常告诫自己和雪月说这些并不合适，她不会理解的，她是个好妹妹，可并不是畅谈理想的最佳人选，但这些年只有她一个亲人在身边。战芸说雪月年龄还小，而且也没什么大志向，世界团结什么的对她来说或许还太早了点，毕竟她才十六岁。再说每个人都有自己的个性和信仰，不是每个人都和你我一样有这种想法，你不必放在心上，毕竟现在一切都不同了，负防组重聚了，还有很多新朋友，现在他身边有很多可以说话的人，想孤单都难。他们就这样憧憬着世界团结的梦想，回忆着过去的负防组，讨论着如今负防局的大好局面，展望着充满希望的未来，成功创立了负防局建设了人间天庭，未来的一切就都有可能了。在想起当年他们负防组三元老在天安门前的情景时，不由地讨论起卡尔此次回来的目的，也略有怀疑这么多年他会不会是变了，不过这监视器不是魔能科技的产物说明是人类所为，因此不管是谁想监听我们应该都不会影响我们远征魔界，毕竟谁会和人类的未来过不去呢。另一边，魔帝把重心从对付人类转到对付自然族上，并还想再利用自然的力量对抗人类，以此延缓震远众人向自己迫近的脚步，争取更多时间收集负能量，同时利用反向心理学用事实让众人觉得自己是在拖延时间以便提早解封并且是害怕众人来布阵的，刺激他们一股劲往魔界来，不会再往自己黑暗计划的真实意图上分析。
魔帝要求以魔能科技制造出来的直属魔将恶魔“污染者”被下令制造并想办法在不建设据点的基础上采集更多的负能量并负责污染环境和对抗自然族的任务，并且要想办法给负防局制造麻烦阻延众人的脚步。接受命令后他以魔能科技用负能量制造出几个巨大的母虫，同时在西双版纳雨林深处设下几个巨大的虫巢，让母虫可以在其内将由负能量转化来的高纯度黑暗能量进行加工，转化成大批的暗黑魔虫，而且成本廉价，少量的黑暗能量就能转化成一大群魔虫，这样不会浪费魔帝的黑暗能量，而且这些魔虫本身就具有吞食黑气和负能量并将吸收来的负能量储存在体身体内回到虫巢交给母虫的能力，母虫积蓄了足够的负能量就可以代替负能量精炼厂的功能制造出黑暗能量由污染者送给魔帝。魔虫群源源不断从巢穴飞出，犹如黑雾遮天蔽日，在母虫的指挥下正向全国乃至全世界扩散，目的就是阻挡太阳光照向地球，让人类和其他生物都无法生存，由此产生一系列严重后果致使负能量大量产生，从而加速黑暗计划的进度，要是弄得好都有可能直接促使魔帝的采集计划完成。污染者的计划顺利实施，各国一时间难以应对，震远等人抓到一个魔虫分析其成分并得知其积蓄负能量的能力后推断出污染者的计划，于是命令银翼战机全体出动，并亲自率领众人联合葛将军的铁翼舰队及龙王舰清剿魔虫，但虫群怎么也消除不尽反倒使众人陷入苦战，铁翼舰队也受到很大损失，震远为了保护龙王舰而在甲板上以大法力独战魔虫群并将其暂时击退，不过整体上败局已定，法力高强的众人也难以抵挡不得不暂时撤退。兰羽查出魔虫群源源不断出现是因为有巢穴在人间，但由于污染者很精用灵力干扰了整片西双版纳区域，天眼系统无法锁定精确位置因此无法实施远程打击，不过确认是在西双版纳无疑，震远决定亲自派人去找到虫巢并将其摧毁，而王舰体积太大行动不便容易成为魔虫群的攻击目标，再用它出战只能得不偿失，为了有效应对难缠的魔虫群，震远经过一番思索之后决定重启雀王舰。但众人知道当年雀王舰的事情惧怕其威力，安理会就是因此而将其冻结，而且震远现在还在冻结检查期间，这样一再刺激安理会触及其底线后果是极其危险的，之后的战斗还需要他来指挥，但震远说雀王舰的设计者和驾驶者兰羽就在这，他相信兰羽这次一定能操纵好，可兰羽本人却因为还陷于当年事件的阴影而对震远的决定表现出很不积极的态度。震远看大家还是不太支持，于是对众人说出了自己的心声，这魔虫群就是由负能量变化而来的，不论是物质世界还是精神世界自己都要保护，这也是身为天维负防局成员的我们大家的职责。听完后众人逐渐开始支持震远并坚定起负防的信念，葛将军此时进来听到了震远的心里话，表示有他们这样的年轻人是民族和世界之幸，而守护祖国的蓝天也是身为空军上将的自己的责任，遂决心率铁翼舰队全力配合震远的作战计划。震远对众人的支持表示感谢，在兰羽说出雀王舰的隐藏之处后，震远想来反正说不说安理会都不会同意，而时间已经耽误不起，遂决定不向安理会报告，自己带兰羽和卡尔（卡尔是射击高手，而且身为反法力部队的副统领，卡尔也是众人之中除兰羽外接触高级设备最多的人，兰羽需要他协助操纵雀王舰的武器系统，因为虽然自动攻击系統已得到完善，但为了保险起见还是要有人手动控制的好。）以及黄金卫队直接去夺取岳麓山基地的控制权强行启动雀王舰，同时由战芸带领其余众人去找到并剿灭虫巢，大家分头行动，务必在魔虫威胁扩大前制止它。布莱克通过卡尔身上的秘密监听器得知了这一消息，并告知安理会且通过媒体散布出去，又想抓住一个震远的把柄和以此谋权的机会。
战芸等人在森林中搜查，遇到了植物族的允儿公主，她因为感应到森林里有高度负能量反应也在搜寻巢穴，并且已经有一定线索，告诉大家污染者出现在西双版纳的事情。一开始她由于受到自然战争的影响对人类抱有一些偏见，但她随后认出战芸，为了共同的目标决定和众人合作，最终众人在她的自然感应下找到所有虫巢所在并开始了清剿工作。另一方面，魔帝需要人手协助置办新的采集计划并且留作后用，因此还是选择召回影刃王，因为他知道影刃王的忠心并且要最大限度地利用他的这份忠诚达到自己的目的，他以魔眼观到影刃王在云南的人类家里悠哉地养伤，遂让唯一闲在魔界的邪咒女王率部将其带回来。女王的魔军部队心狠手辣竟然屠戮村民，并当着影刃王的面残杀两位老人，多亏影刃王及时出手才救下小女孩梦梦，影刃王和人类处出情感，盛怒之下出手反击并消灭了来找他的魔军，女王说魔帝要自己带他回去，影刃王让她先撤人自己还有点事情办完自会回去的。经历了这些并且经过这些天的思考，他逐渐明白了应该忠于自己的热忱之心，明确了自己的初衷是希望光大魔界做一个征服者而不是毁灭者。两位老人对影刃王很好，他早已把他们当成自己的父母看待，女王走后影刃王为两位老人建坟立碑与其告别，并把梦梦（第二部中改名影梦）带回魔界承担起抚养她的责任，他把这个女孩当作是自己的女儿看待，并传授她法力和武艺，尊重她的性格培养她做一个充满热忱的善良之人。不过他还是选择回去魔帝那里继续忠诚于魔帝，因为报知遇之恩和忠于其主是一个武士的最根本准则，也是他个人性格和后天的道德修养所致，不过同时他也希望这场战争能够早日结束，不论胜利者是魔军还是人类，几千年的时间和近来的经历让他对这场战争的激情大幅削减，现在的他不再在意战争的胜败而只剩下单纯的对魔帝的愚忠。与此同时，众人带领天兵在允儿的帮助下杀死所有母虫摧毁所有巢穴，并且还和污染者略有交手，同时也目睹并获知母虫的功能和污染者制造母虫的所有目的。
这时震远三人抵达秘密基地，并强行接管了基地的控制权，卡尔询问了兰羽一些雀王舰的功能，不一会儿震远让他们别闲聊了，让兰羽尽快带卡尔熟悉一下操作，战芸他们一得手就该我们行动了。魔帝通过魔眼看到震远的行踪得知雀王舰在岳麓山基地还没有启动，于是立即派出他的空军提督率大批空军前去意图摧毁雀王舰，不过好在岳麓山的秘密基地是建设在山体内部的，防御力和隐蔽性都极高，不仅难以被敌人发现而且易守难攻，震远等人随即调动基地的守军配合带来的黄金卫队全力防御，然后立刻召唤一队铁翼战机前来助战。与此同时震远接到战芸那边巢穴全部破坏成功的消息，遂让总部派六架银翼战机过来准备配合雀王舰清剿剩余的魔虫。在震远决定并前往启用雀王舰的过程中，外界已经因此闹出了轩然大波，各大媒体纷纷渲染并插播到主新闻，高层和社会各界也在猜测震远的用意，因为很多人大都觉得目前的空军力量可以应对，没必要启动那个杀戮机器。众人接到夏彤来自天维基地的报告都大吃一惊，不知道为什么行动会曝光，而且是在魔军攻击基地之前，兰羽说启动计划是众人在天维指挥室秘密商议的，而从出发到现在不到一个小时，唯一的可能就是天维里有安理会的内奸。卡尔说要是安理会的人还好，就怕是其他势力的那就不妙了，我们到现在所有的记录和行动计划都不安全，不过现在的震远也无所谓了，自己身正不怕影子斜，是正确的事情就必须要坚持，他分析安理会定会派人来阻止起飞，因此催促卡尔快点熟悉，但雀王舰性能先进，即使是常接触高级设备的卡尔也要花点时间才能完全掌握，震远只能叹气说好吧，我可不想让它再被政府冻结一次。果然，早在布莱克告知安理会之后，安理会就已经派驻中国的特工去夺回基地控制权阻止雀王舰起飞，并派遣特别记者一同前往打算对震远进行追踪暗访。夏彤料想到了安理会的行动，知道可能会有记者去追问震远，而她一直理解震远支持他的负防理念，而且也能懂得他的心意，她虽然不能和大家一起战斗，但至少可以帮震远做些力所能及的事。她知道震远面对记者时有能力说出很振奋人心义正辞严的话，也希望帮助震远把他的心声传递给全世界，于是暗自以黑客技术把这个报道的直播插播到全世界各个视频上，而且打算保密不告诉震远，因为她并不要求回报。
银翼战机已经出发，几分钟内就可以到达众人位置，铁翼舰队也已经赶到了指定空域随时准备支援，卡尔已经完事了，震远下令立即启动雀王舰。雀王舰已经进入升降台准备升出地表起飞，可就在这时安理会的特工到来接管了基地权限关闭了升降台，不过兰羽并不慌张，因为早在她完善雀王舰时就已经料到类似的突发情况，所以在机体内安装了控制基地起飞系統的应急设备，见特工关闭平台后她告诉震远可以拉起这个手闸在机内手动操纵平台起飞系統。特别记者追到了雀王舰驾驶室内，此刻震远并不知道夏彤已经把现在这个镜头挂在了全世界的屏幕上现场直播了，震远的一言一行都将完全展现给世界人民。虽然震远不知道有这样的好机会，但他早就想找机会告诉世人不要对自己还未真正了解的事情胡思乱想，于是毫不避讳地正面回答记者的各种问题，并说雀王舰再厉害也只是一件武器，武器本身并不可怕，关键是看使用者的心向何方！无论是物质领空和精神领空我都要保护，目前的情况是一定要出动雀王舰不可的。此刻震远的话已经在世界各地引发热烈响应，中国某空军指挥部听到震远这番话后被触动了，指挥官说保卫祖国的领空本应该是我们中国空军的职责，我们不能因为敌人强大就眼看着一群孩子在外面冲锋陷阵而待在指挥部什么都不做，别人怎样想我不管，我要求这里所有的战机马上起飞，全力支援上官总帅消除魔虫威胁。记者又要问什么，但还没说出就被震远立马打断说请你们下去吧，我要启动雀王舰了，随后兰羽表示起飞准备完毕，震远下令雀王舰起飞（此处开始奏放中国军乐《我爱祖国的蓝天》伴奏）。雀王舰升至飞行平台后一飞冲天，冲入万米高空的云层之上，此刻六架银翼战机到位，云海茫茫一望无边，白云为战机铺大道，在银翼战机六道银光构成的光路下雀王舰最后加速带着淡红色的光晕飞向战场，最终众人凭借万丈豪情和雀王舰神威，在铁翼舰队、中国空军和银翼战机的配合下消灭了北京上空残余的所有魔虫，还祖国一片澄净的蓝天。