转眼又是千余年过去了，时间到了现代，人类比起五千年前要强大万倍，高速发展的科技让人类有随心所欲上天入地的力量，可虽然人类的物质力量强大了，但人们逐渐忘却了魔界和神灵的存在，可随着科技的进步和时代与社会的复杂化，人间的负能量也在不断增幅。魔帝虽然被上古众神封印，但从没停止过反抗，再加上人类世界出现过一战、二战、古巴导弹危机等等这样的几次负能量大事件，每次所产生的负能量都严重削弱着封印大阵的力量。几千年来魔帝不停地冲击封印，希望早日复出来主持大局，在这数千年中，魔帝看到了人间的进步，他依靠意念操控黑暗令牌控制集结了大批魔兵魔将和恶魔怪兽，各大魔将聚拢其部族，魔军的装备也是随着人间的进步一再更新。如今黑暗军团已经重组完成，比起五千年前入侵神州的阵容，魔军部队数量现已是数千万计，是五千年前的数倍之多，而且部队战斗力也大大增强，但经过五千年前自己没落之时抢夺令牌的事件之后，魔帝对某些手下已经不再信任，但他一直也没有信任过他们或是建立友谊，只是把他们当作棋子利用而已，可怜还有影刃王这样没有看清他真面目的人还真心忠于他。
封印的力量随着时间的流逝和人间负能量的不断增多而越来越弱，虽然五千年的时限未到，但魔帝很有可能提前复出，现在他只能把意识幻化成影像透过法阵显于王座之上的石像上（五千年前只能通过黑暗令牌和声音在封印里对外传递信息），但若想真的彻底复出，还需要一个条件，那就是再制造一起全球性的负能量事件，只要再来一次，以现代人类的力量所产生的负能量足能使大阵的力量弱化到魔帝可以打破的程度，从而让魔帝成功复出，而魔帝并不想把这个制造负能量事件的机会浪费掉，他想这个负能量事件不能单纯是人类的事情，必须是用来削弱自己的敌对势力。自千余年前试图取回力量失败之后，魔帝便极少涉足人间，专心在魔界发展的魔军只是窥探而并未试探过人类的实力。所以在制造负能量大事之前，魔帝需要先派出手下对人间进行小股的入侵，主要目的不是展开侵略，而是试探人类的实力和侦察情况，好制定下一步的计划。
四极龙也感到魔帝的异动，知道黑暗军团又要蠢蠢欲动了，不过目前只是小股入侵，以现代人类的力量足以应对，四极龙迫于神灵的法则还是静观待变。自从魔帝决定试探人类实力之后，世界各地陆续出现了很多奇怪的超自然现象和未知力量的武装袭击，一开始各国都以为是恐怖主义极端组织的某些行动或是敌对国家研发的某种生化部队，但之后发现并非如此，因为各国逐渐发现这些敌人并不是人类，因此在没有搞清楚怎么回事之前，联合国安理会为了不引起各国民众的恐慌决定隐瞒这些事件并作出各种虚假解释，同时秘密派出部队进行抵抗和侦查工作，而敕魔行动就是美国高层发起的一个抵抗魔军的秘密行动，并出于政治顾虑、个人私利和防止暴乱的目的而制造了一桩非人道的欺诈事件，也成为了导致布莱克从此价值观巨变的根本原因。经过几年的摸索和试探，魔帝发现自己的黑暗军团实力虽然比五千年前要强大很多，装备和武器也升级了，但要想和现在的人类对抗，如果没有那些法力高强的魔将出手，只靠常规部队还是较为吃力。如今的人类足以和天斗了，虽说自己一直窥探人间，但人类的军事实力发展到如此强大的地步还是让他大为震惊，更何况他现在还没有真正复出，即使复出了取不回六份力量也是无法自由行动的，因此现在的人类对他而言已然成为一个威胁，人间也成了一块难啃的骨头。几个月的试探性进攻虽然使得魔帝逐渐领教了现代人的强大武力，但他也看到了现代人的弱点，结合长久以来的窥探来看，现在的人类在团结度和精神状态上远不如五千年前的人类，更多的是混乱、冲突和分歧，社会之中负能量非常充盈，人间变得更复杂了，人心也不再像古时候的那样单纯了。魔帝心想为了筹集负能量，现代世界现在还是有价值的，而现在自己也没有能力去开展大规模侵略，不仅是因为自己没有复出，而且一旦这样大动干戈那些神灵肯定还会想办法插手，即使神灵没有动作，现代人类的诸如核武器一类的超级武器对魔军的威胁也是极其巨大的，所以现在还是安分一些，想办法再制造一次负能量大事件，利用负能量加速自己的复出，并且以后再找机会想办法取回自己的力量。因此他公布了一个名为黑暗计划的自我解封和军备强化计划，分为两个项目，一个是负能量采集计划，一个是魔能科技研发计划。下面分别介绍黑暗计划的两大项目：
魔能科技，顾名思义就是用魔界的能量（统称魔能）或黑暗能量和现代人类科技力量结合，强化黑暗军团的作战力量，加强黑暗军团的武装。魔能科技是灵力和现代科技的结合，属于灵能科技的一支。具体工作魔帝交给了土神将军和吸血鬼王执行，在魔宫建立研发魔能科技总部基地，并在人间建立各个研究点。在之后的几十年中，魔能科技的力量逐渐强大和完善起来，最终成为后来导致防卫军解体的一个重要因素，再加上权杖主人和布阵人迟迟没有出现，人类从精神上和物质上都被打垮了，战争越打越没希望，再也无力抵抗黑暗军团的进攻。而魔能科技项目的开发还有另外一个重要目的，那就是为下一步的负能量采集计划做准备并提供技术支持。
至于负能量采集计划就更深更可怕了，由于所有人都不知道魔帝的小算盘，因此魔帝对自己的下属放出一个消息，以至于后来获悉魔帝假计划的震远等人在错误的信息下做出错误的决定。魔帝对属下说虽然封印阵法的力量大大削弱，但以众魔将的法力仍然不足以与其残存的封印之力对抗，目前他所能想到的只有一种方法可以让自己脱离封印阵法对自己行动力的束缚，那就是用大量的高纯度负能量污染法阵，软化灵力束缚，凭借自己残存的法力就可以脱身甚至破坏掉这个法阵，让自己再无束缚。魔帝对众人的解释是，虽然自己法身的法力束缚得以解除，但本体黑颅骨受到封印阵法灵力的镇压很难再吸收黑暗能量，要想彻底脱离阵法束缚，只能用他自己原来的也就是被分解的力量，聚齐六件神兵并用自己法身残存的法力污染大阵取回力量，但目前看来要想取回六件神兵已经是根本不可能的了，黄金权杖在光明界四极龙手里，四大灵兽的神兵早已被它们隐遁起来，轩辕剑也流落人间不知所踪，除非布阵人一个个地找出来我们再去抢夺。这是一个定数，只有这种方法可以突破法阵，部下问他就真的没有别的办法吗，他说他不会任由大神们摆布，偏要修改这个定数，所以几千年之中他仔细研究了整个大阵，想出这个办法来绕过六神兵的路子破解阵法束缚，他幻化出一个容器魔能壶，乃是自身法力的一种实体化可控传递介质，虽然体积很小，但可以高度压缩采集来的负能量（正好够抵消大阵的一次正能量攻击），使之密度更大品质更高，用于储存采集来的负能量。魔帝说魔壶是他针对法阵设计的，污染和软化大阵灵力束缚的负能量的上限就是这个魔壶的总容量，只要通过魔能科技来将从人类世界收集来的精神负能量转化为高纯度的暗黑能量，再用采集来的高纯度负能量将魔能壶填满，魔帝就可以用法力运作这个魔壶，通过魔壶内的黑暗能量软化法阵从而使自己挣脱并毁掉大阵。有属下问黑暗之门已经被封闭了，这么多负能量到哪采集，魔帝说他感到现在的人间负能量比起五千年前要强大太多了，经过几次世界性的大战，现在的人类世界问题很多矛盾丛生，可以说是一个负能量的天然生产地，正好可以利用人间而不要急于毁灭，因此第二次入侵魔军并没有打算毁灭世界，而是站稳脚跟采集负能量执行魔帝的黑暗计划。
可事实情况是魔帝再次撒谎了，这法阵是众神针对自己而设计的，即便可以使用大量负能量软化法阵的效力，凭他现在仅存的微薄法力还是无法挣脱大阵的，大阵镇压的不是他的本体黑颅骨，而是他法身的元灵，因此被封印着的自己也是无法吸收负能量的，自己复出的办法也只有取回原来的力量并拿回吸满黑暗能量的黑颅骨这一种，别无他法。他这样说是故意让大神们把注意力转移到他的假计划上以此掩饰他的真实目的，并引他们尽快去魔界重新布阵消灭他，这样他就能趁布阵的时候用魔能壶的负能量抵消掉转化为歼灭大阵的封印阵法攻击时产生的巨大正能量法力，而使得法阵攻击失败，利用这个机会自己就可以悠哉地取回六神兵里的力量而彻底解放，而且不必冒布阵时间差的风险。因此魔能壶的容量不是根据软化阵法的量来设计的，而是根据抵消大阵转变为攻击法阵的法力输出量而设计的，而这才是整个黑暗计划的真正意图，他之所以不能告诉任何人是因为一旦传出去存在敌意的力量就会从中搞破坏，一旦出了差错，自己可能永远也没机会解封，只能等着被消灭。不过整个负能量采集事项中魔帝唯一没有骗人的就是他的确仔细研究过法阵，早看出其可以转变为歼灭阵法，因此才设计出这个利用大神们急于消灭自己的心态来解放自己的计划。不知真情的众魔们再次相信了魔帝的话而开始执行这个任务，在摸清了人类世界的基本情况和控制安理会计划失败之后，魔帝打算发动对人间的第二次入侵，表面上让黑暗四天王占据世界四大区域：亚洲、中东和非洲、西欧以及美洲，并且在世界各地设立负能量输送管道，专门提取和吸收人间强大的负能量，并通过各地魔能科技工厂转化为高纯度的黑暗能量再送往设在各地的魔军据点进行最后的检查，最终再从各个魔军据点汇集到四个天王手中，由四天王定期统一送给魔帝汇入魔能壶。负能量采集计划的初期是在人间各处密集的大量的管道布设工作，而且还要等到第二次入侵之后才能布设各个采集精炼占点和据点，这个工作完成之后魔帝也早已通过自然战争获取的负能量成功复出，法身现世端坐于王座之上可无法行动，因此复出后的魔帝在第二次入侵后魔军在世界上站稳了脚跟才开始让负能量采集计划正式运作，魔帝亲自在王座上操控魔能壶，左手放于魔壶之上控制魔壶汲取器，右手持黑暗令牌。（王座附近的地面上显示着封印之阵的布阵图，除非再次布阵不然即使破坏地面也无法消失）魔帝对负能量采集计划隐藏的很好因此一开始没有引起大神们的注意，世界上现有的所有能量波动探测仪器也都无法识别侦测负能量和黑气，负能量虽然是精神力量，但却会通过影响实体对物质世界造成破坏，还可以被魔军的魔能科技转化成实体性的黑暗能量输送给魔帝，而且不要说负能量，就算是一般的灵能人类也是无法侦测的，除非让人类的探测仪器拥有灵能感应能力，或是人类的量子技术已经发展到足以发现和控制构成灵能的灵波粒子，而这些如果不借助神灵的力量，那么以当时的人类科技水平是无法实现的。
其实，整个黑暗计划背后是更大的计谋。魔帝很聪明，早在五千年前那场战役时，在众人对他布阵之前就利用自己的独特之处，已经将自己的本体黑颅骨分离来并带走自己的一部分力量在众神封印黑暗之门前就潜逃回黑暗界了，并且在黑暗界继续接受黑暗力量的深化变得更强，当年众人封印的只是魔帝的法身，抽走的也不是魔帝的全部力量，但众人并没有注意到魔帝的这一举动，以为魔帝力量大减是他们重击后应该有的正常效果，因此并没有怀疑他们的封印计划，因此所有人都相信了四极龙的办法，以为只要再次布阵就可以消灭力量亏空的魔帝，但魔帝却骗了所有人几千年，包括自己的属下。而五千年间魔帝一直都在研究这个法阵，思考将来自己如何躲过被毁灭的命运甚至重获自由，因此想出这个负能量采集计划来抵消攻击形态的法阵产生的正能量而后顺利取回自己的六份力量，因为他知道一旦六神兵插入法阵，自己来不及施法取回力量就有可能被消灭，因此他不愿意在时间上赌风险，也赌不起，一旦失败就是自己的末日到了，但又一直没有更好的办法，因此想出这保险的一招，此招的保险程度还不止如此，魔帝谅那些大神们也没有别的办法消灭重获自由后强化过的本体回归的自己，甚至觉得自己到时候连光明核心也不用惧怕了，因此这一计策就是让他彻底无敌于世的一箭双雕的绝佳计划。魔帝甚至还想出了防止黑暗之门被摧毁的计策，魔帝在被封印之后通过手下获知黑暗之门被众神用黄金齿盘从外部封印起来，当时魔帝心想这样一来也未必是个坏事，起码关门之后黑颅骨可以更加高枕无忧地吸取负能量，不用担心外部会察觉到，但如何再让黑颅骨出来就是一个问题了，几千年的时间中他在研究清楚大阵原理之后他估计众神虽然不知道自己本体在黑暗界，但如果将来自己的计划成功法阵没有消灭自己反而解放自己，不管这件事会不会发生，众神既然可以封印黑门，那就很有可能破釜沉舟利用齿盘摧毁黑暗之门，因此他想出一计，当黄金齿盘再次运作的时候，黑颅骨必会有所察觉，就在那个时候让黑颅骨用黑暗力量阻止黄金齿盘的法力运作让破坏法力不能进行，然后等齿盘被取下并且魔帝成功抵御大阵攻击及时取回六神兵封锁自己的六份力量之后，再打开黑暗之门让本体回归法身。而且，黑颅骨在他扔进黑门之前就带有很大的法力，吸取负能量和深化的速度都将比几万年前大大加快，一年就可以抵上之前十年的深化程度，等黑颅骨回归法身之后，自己不仅会从六神兵里得到法身残余的力量，还能通过黑颅骨取得额外近五万年的黑暗力量，再加上还持有黑暗令牌，本体和法身合并之后他将无人能敌。但魔帝仍然非常忌惮光明核心，即使有人能够激活光明核心的可能性微乎其微，可万一光明核心的力量被激发到最大，他担心光是额外几万年的法力还是无法与之匹敌，可惜的是从人间明着采集来的负能量却不能为己所用，因此魔帝必须再从其他地方秘密窃取黑暗能量。在负能量计划和采集设施体系成熟之后，魔帝秘密驱使对他绝对忠诚的黑暗造物大统领和三军提督，让他们只带黑暗造物部队避开魔军中其他成员和神灵势力的注意，在绝对保密的安全环境下秘密地在中国神话中冥界的酆都枉死城和西方神话中地狱中的炼狱层建设负能量采集体系，在不引起两界注意的前提下以灵力吸取其中的负能量和黑暗气息，而后藏于王座之下，这样虽然不如黑颅骨或魔能壶吸取的多，但只要采集过程顺利，积少成多五千年下来也会积攒起一股极其强大的黑暗力量，这是最稳妥的办法，不会有人发现并中途破坏，自己取回力量之后再一并吸入，原本的力量加上五万年的黑暗力量在加上这股力量，或许这样能够抵挡住光明核心的全部力量也未可知，但这是魔帝在这种状态下能够调动的所有力量了，所以自由后的魔帝才有恃无恐，轻易大败众法力者后更是狂妄至极，对自己的力量过度自信而不再把光明核心放在眼里，可正因如此反倒被震远分析出他的心理状态继而加以利用来创造打败他的机会，这也是导致他最终失败的根本原因。魔帝欺骗了所有人几千年，一直采用双重标准行事，把忠于自己的下属当做无足轻重的棋子，虽然大阵攻击失败，但魔帝也因此而撕毁了他光大魔界的战争幌子，露出自己的本来面目，以至于最后就连忠心耿耿并一直将魔帝的暴行看成是光大魔界和成就霸业所必须经历的影刃王也恍然大悟毅然倒戈，众叛亲离的魔帝虽然依仗强大的力量猖獗一时，直捣天维失败后对人间发起了第三次入侵，但他太相信自己的力量而过度狂妄，丧失了冷静的头脑和戒备之心，让震远等人有机会运作消灭他的新计划，忽视人心精神力量的他最终在那无限的正义之光中烟消云散彻底毁灭。