失去魔帝领导的黑暗军团很快被各界联合力量所击败，暗黑魔宫被彻底攻破，黑暗军团的魔将们纷纷离散。四极龙表示虽然魔帝被封印起来了，但毕竟没被消灭，所以他把在第一次来到黑暗之门找黑颅骨时打算制约黑门的想法重新提到桌面上，他认为黑暗之门在魔帝没有被消灭之前必须先封印起来，不然以魔帝那些魔界爪牙和黑暗造物的能力必然会从黑暗界汲取力量，这将会为魔帝提供强大的后援，他甚至会用这些力量腐蚀封印。可这门是天道秩序幻化而成的具象体，是一个空间的入口，即便只是从外部将其封闭也并非单靠法力或什么阵法就能做到的，需要研究出一种针对性的方法。于是四极龙和天界的大神及天上人间的能工巧匠一起集思广益，集人间与众神之智慧用铸造权杖的材料即光明界的金铁制造出一个做工精密的封印神器黄金齿盘，而后用大法力将其融嵌进黑暗之门的外表，齿盘的中线在门的中线上，两边分别贴在门的两扇面上，就像一个卡在门中央的门锁来锁住门的两个扇面，用法力拨动齿盘中央的齿轮顺时针旋转一周以封锁住黑暗之门，后将其取下。为了避免封印大阵的时间到了之后还是没能消灭魔帝，四极龙和众神决定做一个保险措施，在取下齿盘之前对其和黑暗之门施加一种足以破坏秩序的法咒，只要再次将黄金齿盘放入黑暗之门表面的凹槽并用法力逆时针拨动齿轮旋转一周令其回到原点，破坏秩序的法咒就会自行运作，从而强行摧毁黑暗之门，破坏空间通道。虽然这只是暂时的，长久下去迟早会出现新的通道来取代之，但这一打破世界光影平衡的方法是不到万不得已众神不会使用的。出于对人间安全负责和对维护世界万物及历史发展之规律这一重要方面考虑，诸神在撤出魔界之前还做了最后一件事，那就是为了防止黑暗军团在以后的时光里蠢蠢欲动渗透人间，上古天界诸神合力在魔界布下封锁结界，将魔界和人间的通道封闭。因为魔帝的出现给人间带来的巨大影响已经严重扰乱了人间正常的历史发展的轨迹，隔离人魔两界后，不仅可以为隔绝魔帝对人间的威胁上一道保险，维持正常的天地发展秩序，也是为了保证此后的数千年中，魔界和人间再无往来，除非魔帝再次复出，否则魔界之中是没有任何力量能够打破这一隔离结界的（但他们忽略了影刃王魔刀的威力足以撕裂空间，撕裂的缺口足以让小股魔军渗透进人间）。
可魔帝虽然被石化封印了但也只是限制了行动和法力的自由，他的意念之力依然很强大，他早在没被封印之前令牌震飞的时候就以精神通话告知他的御林军大统领拿回令牌等待指示，现在他感到令牌就在大统领手里，由于大统领和黑暗军团三军提督都是令牌所造，所以虽有强大法力但根本不能操控令牌，这也是魔帝要他去夺取并保管令牌的原因，还有就是自己从不信任魔界的人。在众神都撤离魔界战事平息一段时间之后，魔帝用意识召唤大统领前来魔宫，操纵令牌飞到自己的王座之前，插在自己右手边，魔帝依然可以控制令牌，并让他的大统领带卫队黑甲军在这里驻守保护令牌。而对于月灵将军的问题魔帝却另有打算，目前月辉协助封印自己的事情只要魔帝自己知道，一开始他也想让大统领消灭她，可转念一想觉得自己将来一旦有机会复出，自己这边是需要月灵将军的特殊能力的，而她如果继续做正义势力的卧底，那自己倒是可以将计就计利用她这一点。而且魔帝考虑将来重组黑暗军团，像月灵将军这样的情况肯定还会存在，因此对于这类人只要用法得当就不会出大问题，少让他们接触自己的核心利益就是了，便放弃了消灭她的念头。在随后的几千年中，魔帝通过令牌秘密号令群魔逐渐再次集中起来，并在大统领和三军提督及魔界忠臣影刃王的协助下将失散的魔将们逐一召回，逐渐重组黑暗军团以备将来之需。
由于五千年后魔帝的封印就会失效，届时魔帝将会复出，如果加上各种因素的影响甚至复出时间会更早，魔界的封锁结界也迟早会被打破，众神都知道这一点，因此有人提议等到一定的时候再次施法重新封印一次，再封他个几千年，而四极龙否认了这一提议，先不说到时候能不能再成功布阵，就说如此一直封印下去，长久了迟早会生出事端，魔帝一定会想尽办法冲破封印，因此只能抓住这一次机会，必须在五千年后魔帝再次复出的时候或之前想出可以消灭他的办法。但这魔帝既身为负能量的代表黑暗的象征，要想灭他，必须将他的法身和本体黑颅骨全部摧毁才行。四极龙还是提出点亮全部光珠这一最保险也是最初的方案，至少还有数千年的时间可以寻找有此能力的人。众神认为此法属于消极等待之法，虽然行之有效可是太过被动，对于毁灭魔帝之事还是应当尽速。黄帝有一提议，他说魔帝现在力量亏空，只要他没有找回被分开存放的六份力量，即使他已经复出解除了石化状态，仅靠法身残余的力量也不可能离开王座，离开封印大阵。虽然阵法对魔帝法力的制约解除了，但行动力的限制一时还不会解除，除非法阵崩溃。只要魔帝还被封印着，就不一定非要用八颗光珠的力量去消灭他，只要把封印阵法转换一下，将布阵人的法力和六神兵的力量集中起来输出，因而再次布阵时就能将封印阵法通过能量汇聚输出变成消灭魔帝的歼灭阵法，一次攻击的力量足以摧毁封印状态下的魔帝法身。唯一的风险就是六神兵一旦插入位置后魔帝就可以通过黑暗能量污染六芒星阵而取回他的力量，因此必须在最后一个神兵插入的一瞬间施法，以确保攻击完成时间赶在魔帝开始施法或是施法结束之前，在他取回自己的力量之前消灭力量相对亏空的魔帝法身（对于人类而言，即使力量被抽走之后，魔帝仍然十分强大，而且黑暗令牌还在，黑暗军团还会重组）。四极龙也认为可行，毕竟现在的魔帝不是之前的强力状态（至此之后，最初的集齐光珠毁灭魔帝的办法就被众神和世人渐渐忘却和忽略了，传下来的都是重新布阵毁灭魔帝），但还是要想办法消灭黑颅骨，不然毁掉法身就相当于还黑颅骨自由，因此在没有找到毁灭黑颅骨的办法之前都不能进行重新布阵。至于如何消灭黑颅骨，众神目前还没有方法，四极龙表示此事自己会负责，黑颅骨本身是经过数万年的深化才有此力量，要想消灭它，至少需要大于其强度的光明能量来消解它，如此算来，要么找到足够强大的正道能量源，要么就得花上几万年甚至更久的时间来积蓄和凝聚高纯度的光明能量。再者说，如果布阵出了差错没能消灭魔帝反倒被其取回力量，那就还得靠光明核心来消灭他，不过找寻点亮全部光珠的人的确是很被动，而且点亮全部光珠不仅仅是人本身的问题，还有时代和氛围环境等因素都必须切合才行，需要进行多次尝试，这些都是需要时间的，就算尽速去做，至少千年之内是不可能完成并进行布阵的。
众神也都认同了这一现实问题，毁灭魔帝的确是需要时间，好在封印可以拖个几千年，但魔帝的意志还在，在这期间必然会生出事端，虽说众神阻断了魔界和人间的通路，但那些高等的魔怪们必然有其他方法进入人间，魔帝不除，黑暗军团对人间的骚扰就必然会存在，即便封闭魔界，也只能是阻止其对人间的大规模侵略，无法阻止那些小股势力的渗透，这就意味着神灵必然要介入并帮助人类持续进行这场光影和人魔之战。不过虽然神灵的职责是保护人类，却不能干涉人间之事，天有天规，人类的命运要由他们自己掌握才有价值，未来世界的人间必将由人类自己所主宰，可魔帝的出现和如今的情形却意外地打破了这一历史法则，神灵也不得不协助人类，但却不能干涉和影响人间，神灵的公然出现会影响后世的人们对事物的判断与认知，不能涉足人间同时也要阻止魔军破坏和干涉人类自然的历史进程，这就意味着神灵是可以帮助人类但不能明着帮，需要想办法规避神灵的存在，同时还要抑制魔军在人间的滋长。四极龙认为，神人之间并无本质上的区别，只是神有法力而人类没有，因此四极龙想出一个折中的既协助人类阻止黑暗力量又不会显露真身影响人类进程的办法，那就是将神灵们的法力继承给合适的人类。众神以为然，遂约定若魔军渗透进人间有所行动，就挑选一些灵兵神将传法给合适的人类，以此方法助力人间制约魔军，若继承者身亡，则法力回到继承神灵那里。至于布阵之事，参与布阵的神灵们约定等待四极龙落实完成毁灭黑颅骨的方法，再传法给当时的人类让他们去完成布阵。大地黄龙选择继续回到黄河等待将来再次布阵时协助当时的黄帝法力继承者；天庭的十万天兵天将和四极龙手下十二黄金卫队也愿意将自己的法力精元贡献出来传给未来的合适的人类战士，使未来的人类可以有与魔军匹敌的力量；五行神将和黄帝本就是人类，因此为了保险起见他们决定将自己的力量一代代传承下去继承给自己的后人，并使他们隐姓埋名，隐于人海之中，如若后人有夭折或身亡，则传给可信之人，这样就能保证五行神将和黄帝的法力不会失传，随时协助神灵克制魔军，并将轩辕剑也通过此法代代保存，等待将来需要时重新启用。这种法力继承方法有一定风险，但身为人类他们只能做到这样，于是神灵们约定好了告知自己的继承者们，一旦发现五行神将的后人，务必尽力保护他们，毕竟魔帝迟早会预料到这些计划，随时可能采取行动进行干扰和破坏，甚至截杀布阵人的法力继承者。好在布阵成员之间的默契会化为缘分，命运的纽带最终会让这些将来继承了神力的人类走到一起，无论他们相隔多远，只要法力者团结在一起就不怕魔军的威胁了。
至于其他那些神兵神器，为了防止被魔军找到，四极龙把黄金齿盘安置在北极的一片巨大冰层之下，利用无坚不摧且对灵力抵御性较强的寒冰石构筑一个冰穴来保护齿盘，并将之镶嵌在灵能冰晶中，再赋予灵能将地点隐遁，确保万无一失，外部大门机关由镇海王即可打开，而内部的灵能冰晶乃是由四极龙灵能幻化，似冰非冰，需要由自己光明力量的继承者以内心之火才能将其化开取出齿盘。四大灵兽将自己的法力精元化作的封有魔帝法力的四件神兵按照各自的方位隐藏于天涯海角四方尽头（后被魔军寻获，被法力者夺回后重新隐藏于四岳山），黄金权杖还是由四极龙保管，而轩辕剑跟着黄帝后人隐于人间，六件神兵分散各处，等待将来布阵需要时再重新由法力继承者获取。以魔帝的智慧，一定会想尽办法寻找这些神兵，但是这六件神兵魔帝只要不是全部取到手都不可能取回自己的力量，因为六神兵不齐就无法启动六芒星阵，所以无法通过阵法吸取力量，魔帝残余的法力不足以从单个神兵上取回力量，这样一来即使魔帝找到余下的五个神兵，还有黄金权杖在光明界四极龙手里，这是六界之中最安全的地方了，若魔帝拿不到黄金权杖也无法取回力量。说到神器，还有一个问题是四极龙所担心的，魔帝持有黑暗令牌这个强大的法器，依仗令牌的力量魔帝很有可能有足够的能力对抗八颗光珠的力量，这样一来一旦大阵失败，就连摧毁魔帝法身也是一件棘手的事情了，黄帝想了一办法为四极龙分忧，一旦八颗光珠聚齐，光明核心的能量被最大限度释放，可以将轩辕剑置于能量之中，藉由核心发出的光明之力化剑为光，摧毁黑暗令牌击穿魔帝的法身并让能量流继续冲击魔帝身体直至将其消灭，暴露出本体黑颅骨。
这样一来如何摧毁黑颅骨就成了最大的难事，也是最后的问题，不过四极龙经过反复思考，终于找到了一个好办法。四极龙决定找到一个强大的正义力量凝聚成核心状物质，这样就有了能量基础，再将其带到光明之海进行深化，最后摧毁魔帝法体，将黑颅骨牵引至其中以这种力量化解，所以对于这股能量基础的要求是很高的，不能是一般的法力或能量物质，因为黑颅骨是精神和物质的结合体，象征的是负能量，光凭物质根本无法摧毁，因此这股力量必须也要是精神和物质的综合力量，而且要是强大的正能量。于是，在第一次黑暗战争结束之后的千余年中，四极龙走遍天上人间上下求索寻找这股正义能量，终于他发现了一个最佳选择，夏禹九鼎。上古时期，平水王夏禹治水有功，后建立夏朝，称禹王，夏朝初年，大禹划分天下为九州，铸造九个青铜大鼎，将当时全国九州之内的名山大川和奇异之物刻于九鼎之身，一鼎代表一州。九州代表整个中华大地，九鼎就代表了中华之魂，也是至高无上的王权和国家昌盛统一的象征，其中所蕴含的中华民族的正义浩气和光明能量无比强大，远远超过了权杖三式所爆发出的能量，同时具有强大精神正能量，这股力量若是用光明之海的灵力加以深化，深化不出五千年就足以消融黑颅骨。可惜周显王时，九鼎没于泗水彭城之下，至此失传于世。四极龙前往泗水之下发现被秘术封印的隐蔽空间，虽找到九鼎但没有取出之，而是就地布下阵法，用自己强大的光明法力驱动光明核心，用自己以及核心的光子力量从九鼎之中蕴含的正义精神浩气及丰富历史文化之中汲取出强大的精神能量，相当于藉由九鼎汇集了九州大地千万年来蕴藏的正道力量，最终浓缩凝练成一颗灵能源，四极龙称其为“九州之心”，此物并非单纯的能量源，经过四极龙和光明核心的法力融炼后，看似体积有限，但其内部有着近乎无限的空间和高纯度的光子灵能（所谓光子灵能就是指携带有物理学上的光量子的灵能，物理上把光中携带能量的粒子称为光子，即光量子，而光子则是承载正道之力的物象载体，也就是人们常说的光明法力或光明能量）（寓意中国虽然国土是有限的，但其内部的包容之力和精神力量是强大的、无限的），并且可以源源不断地生成光明能量填补炼化外物所使用的能量亏缺，永无用尽之时，象征着中华文化的力量无穷无尽永放光芒，象征着中华民族精神博大精深广袤无垠和源源不断生生不息的特质，可凭借这种强大的光明灵力炼化一切物质，人仙妖魔、灵魂、甚至是气息（这里的气息是指代实体化的精神，如黑气），任何被吸收进这个空间的东西都将消融在强大的光明能量中，无论是有形物质还是虚无的灵体。随即四极龙将其带往光明之海深处进行深化，并不时以自己的法力加快其深化速度，以深化完成之后的九州之心炼化黑颅骨是将其彻底毁灭其的唯一办法，即使是光明核心也不能替代它的作用（就好像要化开一个糖块，放进水里溶解比用水冲刷要有效的多是一个道理，用水冲刷无论水压多强水量多大都只能对其造成某个方位的表面侵蚀，不仅收效甚微，反而浪费大量的水，得不偿失；而将糖放入水中，不需要很多水，只要大于糖块饱和溶解所需的水量，聚焦并提高温度加速其溶解，糖块完全化开就只是时间的问题了，既省水又有效，九州之心就好比水，黑颅骨就好比糖块。但必须把黑颅骨收入九州之心进行炼化（最后总帅把黑颅骨吸入九州之心，黑颅骨在二次深化过的九州之心之中不出几句话的功夫就被消解了，如何确认黑颅骨已经消解殆尽了，就看天上的黑云是否散去，黑暗军团是否消失），不然如果将其化作能量束轰击黑颅骨，作用等同于光明核心的全力轰击，这样事倍功半，很容易被黑颅骨用大法力抵抗导致功亏一篑（最后魔帝力量比五千年前还要强大，于是太极将军说九州之心就是从九鼎的正义气息中炼出来的，要想增强九州之心的力量，可以到泗水之下找到真正的大禹九鼎，再从积蓄了几千年力量的九鼎之中凝练出九个光明结晶，再将这九个结晶溶于九州之心中进行二次深化，虽然不能达到光明之海数千年的深化程度，但却可以在短时间内使得九州之心的炼化之力倍增（即相当于给水加温，更好地化开糖块）（寓意中国几千年来发展迅猛，物质文化都获得了长足进步，所产生的正能量足以对抗负能量），足以炼化黑颅骨）。
在四极龙将九州之心带往光明之海进行深化的时候，按照四极龙的吩咐，维护人间对抗魔军之事就交给六位神王和黄金卫队了。不过四极龙并没有因为歼灭大阵的出现而终止寻找点亮光珠的人，他深知魔帝的智谋与狡诈，以及强大的预知性，自己最初就领教过，因而必须要做两手准备，不能仅靠有风险的歼灭阵法去冒险赌博，一定要在布阵之前找到能够点亮八颗光珠的人。由于太极大帝对人间和人心都非常了解，相对于其他人而言太极大帝的智慧和远见仅次于四极龙，因此四极龙将寻访人选之事托付给他，在自己施法深化九州之心的时候代替自己去人间活动，若是找到合适的人选，再由自己亲自引导其点亮光珠。随着人类文明的进化，人类数量更多，智慧更高，环境也更加复杂了。起初，看到人间发展进步之快的四极龙和太极大帝都认为希望不远了，但那时的他们还不知道，点亮全部光珠这件事情比他们想象的要困难得多。