良渚古城遗址在空间形制上展现出向心式三重结构——宫殿区、内城与外城，成为我国古代城市规划中进行社会等级的“秩序”建设、凸显权力中心象征意义的典型手法，揭示出长江流域早期国家的城市文明所创造的规划特征，并在中国古代礼制社会的都城规划中多次出现。同时，良渚古城遗址所展现的“水城”规划格局与营造技术，反映了人们在湿地环境中创造的城市和建筑特色景观，特别是作为城市的水资源管理工程，外围水利系统在工程的规模、设计与建造技术方面展现出世界同期罕见的科学水平，展现了5000年前中华文明、乃至东亚地区史前稻作文明发展的极高成就，在人类文明发展史上堪称早期城市文明的杰出范例。
一、城址的向心式三重空间布局：为象征权力中心而规划的空间序列
城址在空间布局上呈现为以莫角山为中心的向心式三重空间形式，突显出一种非常强烈的规划设计意图：莫角山宫殿区的轮廓是十分规整的矩形，内城的封闭式轮廓几近圆形，外城的不连贯轮廓也多呈向心的弧线段。结合考古工作在城址区不同台地上的遗存发现，基本上可以明确这是一种经由人为规划的、以宫（皇）城、内城与外城（郭城）组成的一套“都城”规划形制，与其它某些地区以神庙与市场作为城市中心的早期城市文明规划特征相比，良渚古城遗址的空间规划特征堪称中华文明传统的杰出范例。
这种由宫（皇）城、内城与外城（郭城）组成的城市空间格局在其后5000年的中华文明发展史上渐成主流，在我国的长江与黄河孕育的国家社会中获得广泛运用。虽然这3种典型的都城空间要素在布局形制上于我国的不同历史阶段受到实用功能或选址地形的影响而有所变化，但作为国家、甚至帝国的都城，始终在城市空间规划上保持了宫（皇）城、内城与外城（郭城）这3种基本要素，并伴随着唐宋文化在东亚地区的传播，对东北亚地区的渤海国等都城规划具有明显影响。
在三重城的空间组合关系上，我国历史上很少有都城表现出如此工整匀称的三重布局。基于军事防御的考虑，一般宫（皇）城多会布置在都城北侧，可经禁苑直接出城。自宋代的汴京之后，元代的上都与大都、明清的北京城遂将宫城规划于城市中心地带，形成我国古代城市发展史后期的空间特征。
良渚古城作为早期国家形态的产物，揭示了早期国家意欲借助空间秩序的规划，建立和强调权力的中心场所、明确社会的阶层差异。这一维护和强化社会分级的空间规划手法，与“藏礼于器”具有异曲同工之意，在其后5000年的我国古代都城规划史上不断获得体现，在我国古代社会后期渐成范式，并在东亚地区文明发展史上获得传播。
二、早期国家的宫殿区：兼具祭祀活动与权力活动的城市中心功能区
据碳14测年数据梳理，莫角山宫殿区与外围水利系统基本属于同期兴建（约公元前3000年-公元前2850年），反山遗址略早一些，瑶山祭坛与贵族墓地更早一些。虽然目前的考古研究尚未能明确瑶山和反山两处墓地的贵族们生前居处何在，但作为外围水利系统和莫角山建成之后渐次建成的良渚古城内城、外城，则应当是“神王之国”的权力象征所致，并以内城对莫角山呈现出的颇为规整的围合状态，或许带有某种意味。
基于莫角山早于内城、外城建造的测年数据，说明其在内、外城垣围合之前，已经择址于大遮山、大雄山的间距中点，于河网遍布的沼泽地上依托坡地，建造大型人工台地。对此分析，这种选址对于军事防御、水患防治（洪涝灾害）都不存在合理性，应当是受到良渚社会统治者的主观意念所致[ 在城市规划史上，选址于湿地中间的案例颇为罕见，因为不具备城市日常生活与军事防御等使用功能的合理性。目前所知有忽必烈的元上都与良渚古城具有同样的选址于湿地的行为，其原因是忽必烈受到梦即上天的启示，放弃原来的在建工程而迁址于金莲川闪电河边，工程手法也具有独特的湿地建城的技术，如填石、灌铅等。引自中华人民共和国国家文物局：《良渚古城遗址申报世界文化遗产提名文件》，2018年1月版，第197页。]。
再结合瑶山遗址的贵族墓葬打破祭坛遗址，以及反山墓地没有发现祭坛等现象来看，建城后的祭祀中心功能或许被移至莫角山台地，即莫角山的功能在良渚古城围合之前，已是统治者或首领们的祭祀、居住与大型工程的组织管理中心。因此，莫角山遗址信仰层面的礼仪中心与权力层面的都城宫殿区合二为一，正是与良渚文化时期早期国家形态的特征一致，也与我国传统的城市起源具有一致性——我国区域性早期国家、甚至早期成熟国家的都城必选在祖庙所在的聚落，称之为“都邑”。这向世界展现了一个不同于其他古老文明的范式。
需要甄别的是，良渚古城的中心台地莫角山宫殿区规模达0.39平方公里，足以作为一个中心城区的使用空间。但在使用功能上，它完全属于社会统治者所用，并作为“神王之国”的宫殿区，较之成熟国家的“宫殿区”应当有更多一些礼仪（含宗教和统治的）功能，与后世主要用于朝政统治的所谓“宫殿区”有所区别。若与我国古代城市规划史上的帝国时期城市规划比较，特别是元大都与明清北京城，已将祭祀等礼仪场所作为城市规划要素在城市总体层面作出专门的、含有礼制意味的规划布局，比如元大都与明清北京城的左祖右社、天坛、地坛等。由此，良渚古城的莫角山宫殿区在我国古代城市规划史上具有其独特的缘起地位。
三、莫角山宫殿遗址：以中为尊的规划特征与追求高耸的建筑设计特征
良渚古城遗址城址区选址于大遮山和大雄山两山之间，莫角山宫殿遗址不仅位于内城的几何中心，而且借助土丘坡地堆筑了高于地表10多米、形成规模达0.39平方公里的大型台地，揭示出建筑设计理念中以中为尊、以高为崇的追求。